Трепанация черепа - не пытка, а условие сделки. Студент-медик Манабу Ито ищет добровольца для рискованного эксперимента, и бездомный Сусуму Накоси соглашается. У него нет причин отказываться: амнезия стёрла прошлое, а вместе с ним и способность чувствовать. Операция проходит, но последствия выходят далеко за рамки медицинского любопытства. Стоит Сусуму закрыть правый глаз, как левым он начинает видеть гомункулов - странных существ, скрытых от обычного взгляда. Это открытие ломает его апатию.
Кэй Куроно продолжает охоту за сотней очков. Ему нужно воскресить друга Като, погибшего в первой схватке, и это единственное, что удерживает его в жестокой игре Ганца. В то же время поп-звезда Эрика Аюкава получает посылку: маленький чёрный шар приказывает ей убить четырёх человек. Журналист Сигэта пытается понять, куда исчезли тела жертв давней резни в метро. Каждый из них тянет свою нить, не зная, что скоро они сойдутся в одной точке. Ганц не прощает промедления, и новая миссия обещает быть