Долгие годы жители радиационно поражённого островка в Тихом океане поклонялись гигантской бабочке Мотре и её огромному яйцу, из которого должна была вылупиться новая Мотра. Всё меняется, когда тайфун смывает драгоценное яйцо в море, и его вылавливают японские рыбаки. Мотра, вместе с двумя феями-хранительницами, просит вернуть яйцо, но получает отказ. Яйцо попадает в руки крупной корпорации, решившей сделать из него туристическую аттракцию. Однако, когда Годзилла снова начинает терроризировать
К 1999 году все гигантские земные монстры, включая Годзиллу, были пойманы и отправлены на небольшой японский остров для изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и направить против человечества. Монстры начали разрушать города по всему миру, сея хаос и панику. Правительства оказались бессильны перед этим новым ужасом. Экстренно сформированная команда астронавтов получила задание найти и ликвидировать базу пришельцев, пока контролируемые ими монстры не