На затерянном острове жила гигантская бабочка Мотра, божество и защитница маленького народа. Её огромное яйцо было их святыней. Но тайфун обрушился на остров и унёс яйцо в океан. Его нашли японские рыбаки. Две крошечные феи, посланницы Мотры, умоляли людей вернуть святыню. Их не послушали. Жадность оказалась сильнее разума. Яйцо стало развлечением для публики, выставленное на всеобщее обозрение. И тогда из глубин поднялся Годзилла. Старый ужас снова пришёл рушить города. Люди оказались
К 1999 году человечество, казалось, обрело покой. Всех гигантских монстров, включая самого Годзиллу, удалось изолировать на отдалённом острове. Но эта иллюзия безопасности рухнула в одночасье. Из глубин космоса явились пришельцы, подчинившие себе чудовищ и выпустившие их на волю. Планета погрузилась в хаос; города рушились под натиском разбуженных титанов. В отчаянной попытке спасти положение, команда астронавтов на корабле «Интерпид» отправляется в космос. Их цель — найти источник угрозы.