К 1999 году человечество, казалось, обрело покой. Всех гигантских монстров, включая самого Годзиллу, удалось изолировать на отдалённом острове. Но эта иллюзия безопасности рухнула в одночасье. Из глубин космоса явились пришельцы, подчинившие себе чудовищ и выпустившие их на волю. Планета погрузилась в хаос; города рушились под натиском разбуженных титанов. В отчаянной попытке спасти положение, команда астронавтов на корабле «Интерпид» отправляется в космос. Их цель — найти источник угрозы.
Экипаж подлодки зажат в тиски. После атаки глубинными бомбами в корпусе зияет пробоина, а в машинном отделении механик Кобаяси бьётся над вышедшим из строя клапаном. Он знает: если не починить до рассвета, их найдут и уничтожают. Вода на исходе, паёк скуден. Радист Ямада ловит приказ с базы: возвращение запрещено. Капитан Сираиси, глядя на фото жены, разрывает шифровку. Он не намерен вести свой экипаж на верную гибель. Они не станут камикадзе. Когда на горизонте появляется танкер противника,
В Токио всё начинается с мелких тревог. Сейсмолог Такума Сираиси видит на приборах странные, необъяснимые колебания. Его ассистентка Мидори показывает данные — земля у полуострова Босо дрожит непрерывно. Жена Такумы, Сатико, дома собирает разбитые банки с соленьями, выпавшие из шкафа от толчков. По телевизору — провал дороги в Осаке, грузовик с арбузами в трещине. Сосед ворчит, глядя на треснувшую стену: раньше земля знала, когда трястись. Беспокойство растёт. Студентка Юкико не может