В 1999 году на Землю падает не метеорит, а инопланетный корабль-крепость. Люди восстанавливают его, готовясь к контакту с хозяевами, но первыми являются не владельцы, а их древние враги - расa гигантов Зентреди. Автоматический залп главного орудия «Макросса» запускает войну, в которой у землян нет шансов в прямом бою. Пилот Итидзё Хикару оказывается между двумя женщинами: строгой начальницей Мисой и юной поп-звездой Линн Минмэй. Пока он мечется между долгом и чувствами, выясняется странная
Разрывая плотный строй вражеских истребителей, пилот Хикару Итидзё рискует всем, чтобы спасти певицу Линн Минмэй, упавшую в механизмы трансформирующегося корабля «Макросс». Его поступок оборачивается поломкой собственной машины, но сердце молодого солдата уже занято не войной, а голосом девушки и её песнями. Однако на выжженной Земле, где почти не осталось живых, его настигает другая реальность: рядом оказывается Миса Хаясе, офицер с «Макросса», и их выживание зависит друг от друга.