Все начиналось с обычной морской прогулки на яхте. Рёта, его брат Юта и их подруга Дайко подобрали в море странного человека. Он рассказал им о пропавшем рыбаке, и они, движимые добротой, отправились на поиски. Это была роковая ошибка. Их захватили люди из таинственной организации «Красный Бамбук», что хозяйничала на секретном острове. Пираты оказались жестокими и циничными. Пленникам грозила страшная участь, но настоящая опасность таилась не в них. В прибрежных водах жил Эбира — чудовищный
К 1999 году человечество, казалось, обрело покой. Всех гигантских монстров, включая самого Годзиллу, удалось изолировать на отдалённом острове. Но эта иллюзия безопасности рухнула в одночасье. Из глубин космоса явились пришельцы, подчинившие себе чудовищ и выпустившие их на волю. Планета погрузилась в хаос; города рушились под натиском разбуженных титанов. В отчаянной попытке спасти положение, команда астронавтов на корабле «Интерпид» отправляется в космос. Их цель — найти источник угрозы.