Трое подростков теряют связь с пропавшим рыбаком и выходят в море на лодке. Шторм выбрасывает их на остров, где обосновалась террористическая организация «Красный Бамбук». Прибрежные воды охраняет гигантский краб Эбира. Герои оказываются между вооружёнными людьми и чудовищем. Выбраться с острова не даёт ни то, ни другое. Спасти их способен только Годзилла, который появляется у берега. Но у «Красного Бамбука» есть свои планы на гигантского ящера.
1999 год. Гигантские монстры, включая Годзиллу, пойманы и заперты на изолированном японском острове. Люди изучают их, пытаясь понять природу этих сил. Но остров-тюрьма перестаёт быть надёжным: инопланетные захватчики берут чудовищ под контроль и выпускают на волю. Теперь армии пришельцев командуют те, кого человечество едва сдерживало. Наземная оборона бессильна, и последняя надежда - группа астронавтов. Им нужно отыскать базу инопланетян и уничтожить её, пока Годзилла и остальные не стёрли