Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль снова выходят на улицы Нью-Йорка. Клан Футов во главе со Шредером запускает новую угрозу: мутирующее вещество мутаген, способное превратить город в хаос. Черепашкам предстоит не только остановить распространение опасной жидкости, но и дать отпор мутантам Токка и Разару, которых создал их заклятый враг. Вместе с репортёршей Эйприл О’Нил, профессором Джорданом Пери и разносчиком пиццы Кено они вступают в схватку. Исход битвы решит, останется ли Нью-Йорк
Эйприл приносит домой с распродажи старинный японский скипетр - подарок Сплинтеру. Предмет оказывается машиной времени, которая переносит её в феодальную Японию 1603 года. Черепашки ныряют следом, но вместо храма приземляются прямо в гущу битвы. В суматохе Микеланджело пропадает вместе со скипетром. Теперь братьям нужно отыскать и друга, и единственный билет домой. В современном Нью-Йорке без них тоже творится неладное. Времени в обрез, мечи наточены, а каждый новый враг встречает их