Все начиналось с обычной морской прогулки на яхте. Рёта, его брат Юта и их подруга Дайко подобрали в море странного человека. Он рассказал им о пропавшем рыбаке, и они, движимые добротой, отправились на поиски. Это была роковая ошибка. Их захватили люди из таинственной организации «Красный Бамбук», что хозяйничала на секретном острове. Пираты оказались жестокими и циничными. Пленникам грозила страшная участь, но настоящая опасность таилась не в них. В прибрежных водах жил Эбира — чудовищный
К 1999 году человечество, казалось, обрело покой. Всех гигантских монстров, включая самого Годзиллу, удалось изолировать на отдалённом острове. Но эта иллюзия безопасности рухнула в одночасье. Из глубин космоса явились пришельцы, подчинившие себе чудовищ и выпустившие их на волю. Планета погрузилась в хаос; города рушились под натиском разбуженных титанов. В отчаянной попытке спасти положение, команда астронавтов на корабле «Интерпид» отправляется в космос. Их цель — найти источник угрозы.
Инопланетные захватчики, не сумев победить силой, идут на обман. Они создают чудовищного механического двойника, наделённого невероятной мощью. Этот железный монстр обрушивается на Землю, сея хаос. Люди в панике. Их последняя надежда — Годзилла, но даже он оказывается бессилен против бездушной машины. Кажется, планета обречена. В этот отчаянный час учёные вспоминают о древнем защитнике, спящем в глубинах острова. Это Король Сизер, пробуждённый от векового сна. Ему предстоит забыть старую вражду
Группа учёных во главе с доктором Кусанами застревает на острове Солгель. Их эксперименты по изменению климата прерывает появление двух существ — гигантской рептилии и неуклюжего малыша. Биолог Матико, видя их связь, понимает: это отец и сын. Ночью лагерь атакуют чудовищные богомолы. Минилла, так зовут детёныша, пытается подражать отцу, но из его пасти вырывается лишь жалкий дымок. Годзилла терпеливо учит его, царапая скалы когтями, показывая, как рождается огонь. Это трогательно и невероятно,
В токийском порту вода внезапно пришла в движение. Рабочие в замешательстве смотрели на расходящиеся круги. Учёный Такаси, разбирая данные сейсмографов, обнаружил аномалию — это было не землетрясение. Что-то огромное поднималось со дна. Тем временем рыбак Кен со своей «Мару-5» увидел в тумане знакомые шипы. Годзилла возвращался. Город погрузился в хаос: сирены, бегущие люди, неубранные лотки с едой. А с неба явился новый ужас — космический монстр Гайган, чьи клешни крушили всё на своём пути.