Этот день он запомнил навсегда. Взрослые, сломленные известием о поражении в войне, говорили о конце. Будущее острова было туманным и пугающим. Но детское восприятие иначе переживает горе — его страх сменился обострённым вниманием к миру. И в этом мире он увидел Таню. Их встреча стала началом всего. Вместе они наблюдали, как на их землю прибывали чужие люди в незнакомой униформе. Их цели были непонятны, их присутствие — тревожно. С каждым днём мальчик всё больше тянулся к Тане, их дружба
Механик Кайто нашёл на свалке странный прибор. Внутри него была стеклянная трубка с красноватым газом. Его сестра Юми позвонила ему ночью, испуганная, говорила о светящихся глазах в старом доме. А на следующий день тени начали двигаться сами по себе. Прибор ожил и показал карту с меткой в порту. Там Кайто встретил доктора Накамуру, который рассказал о Зиллионе — не числе, а портале, вытягивающем энергию через фотоны. Тем временем Юми в подземных тоннелях нашла детей, рисующих странные символы.
Спустя три года всё изменилось. Патлаборы упразднили, а команда разбрелась кто куда. Но теперь на Токио обрушилась новая напасть. Невидимый враг, призрак в машине, научился взламывать системы обороны, обращая передовые технологии против самих людей. Город погружается в хаос. Правительство вводит военное положение, начинается грязная борьба за власть. Асакуза, Цукаса и остальные, лишённые былой силы, действуют в тени. Они ведут своё, тихое расследование. По крупицам собирают улики, выходят на