Прошел год после схватки с Механической Годзиллой, но океан снова шлет угрозу. На этот раз голос принадлежит Мотре - древнему врагу Годзиллы - и её требование не оставляет выбора. Японии приказано вернуть в пучину всё, что осталось от первого вторжения: кости, ткани, каждую молекулу ДНК. Только так можно купить спокойствие. Но Годзилла уже выходит из воды, и его цель - уничтожить и Мотру, и механического двойника. Человечество оказывается между двумя силами: одна требует искупления, другая
Париж, Сидней, Нью-Йорк и Шанхай лежат в руинах. Гигантские монстры методично стирают города с лица земли, и человечество впервые сталкивается с угрозой, которую не способно остановить. ООН собирает экстренное совещание, но вопрос один: как выжить, когда врагов больше десятка и каждый сильнее армии. Среди хаоса к Земле приближается огромный космический корабль. Его посланники приносят новость страшнее любого монстра: к планете летит комета, столкновение с которой означает конец света. Срок