Майор Кусанаги и её бывшие коллеги из элитного 9-го отдела больше не работают на правительство. В 2045 году, после глобального экономического коллапса и бума искусственного интеллекта, мир погружён в Устойчивую войну. Отряд превратился в наёмников и мотается по выжженному западному побережью США в поисках заказов. Привычная циничная работа рушится, когда они натыкаются на постчеловека: существо, которое превосходит даже самых продвинутых киборгов. Оно не просто сильнее, оно мыслит иначе, на шаг
Токио, наше время. Синдзиро Хаята живёт обычной жизнью, пока на него не нападают неизвестные. Вмешательство таинственного спасителя открывает ему правду: его отец Син Хаята был первым Ультраменом, и теперь эта сила перешла к сыну. Бывший член спецотряда мистер Ид передаёт Синдзиро боевой костюм. Герой принимает решение встать плечом к плечу с отцом, но отношения между ними только начинают выстраиваться. Синдзиро учится доверять незнакомому родителю, а тот тянется к сыну, которого почти не знал.