Долгие годы жители радиационно поражённого островка в Тихом океане поклонялись гигантской бабочке Мотре и её огромному яйцу, из которого должна была вылупиться новая Мотра. Всё меняется, когда тайфун смывает драгоценное яйцо в море, и его вылавливают японские рыбаки. Мотра, вместе с двумя феями-хранительницами, просит вернуть яйцо, но получает отказ. Яйцо попадает в руки крупной корпорации, решившей сделать из него туристическую аттракцию. Однако, когда Годзилла снова начинает терроризировать
Метеорит падает на Землю, принося с собой злобного трёхголового дракона Кинг Гидору. В то же время пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают разрушать японские войска и сражаться между собой. Гигантская бабочка Мотра решает вмешаться и убедить их прекратить вражду, чтобы объединиться против инопланетного врага.
Чтобы противостоять Годзилле, японские ученые разработали два новейших вида оружия: высокотехнологичный корабль Грифон и мощное устройство «Приливная волна». Испытания «Приливной волны» совпадают с внезапным появлением Мегануронов - огромных стрекозообразных существ, питающихся человеческой энергией. Вскоре становится известно, что Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов и чудовище высотой в 60 метров, намерена напасть на Годзиллу, чтобы поглотить её могучую энергию. Хотя людям может