В послевоенном Токио, среди руин и ларьков, живут шестнадцатилетний Такуя и его младшая сестра Хинако. Он торгует самодельными игрушками, она собирает обрывки газет для растопки. Их мир — это рис с лебедой, радиопостановки у соседа-жестянщика и мешки из-под американской помощи. Однажды, прячась от дождя на заброшенной фабрике, Хинако находит ржавую коробку. В ней — письма погибшего солдата, полные нежности к незнакомой Акико. Эти строки, пробившиеся сквозь время, переворачивают что-то в Такуе.
В токийском порту вода внезапно пришла в движение. Рабочие в замешательстве смотрели на расходящиеся круги. Учёный Такаси, разбирая данные сейсмографов, обнаружил аномалию — это было не землетрясение. Что-то огромное поднималось со дна. Тем временем рыбак Кен со своей «Мару-5» увидел в тумане знакомые шипы. Годзилла возвращался. Город погрузился в хаос: сирены, бегущие люди, неубранные лотки с едой. А с неба явился новый ужас — космический монстр Гайган, чьи клешни крушили всё на своём пути.